根据相关书籍推断，武藏应该是在十七岁的时候参加了关原之战。平田家的主公是新免宗贯，而新免宗贯又归属于浮田家。武藏在关原之战的时候参加了西军，主要就是因为浮田家是西军的中坚力量。不过，正如我在前文中说过的那样，对此研究的余地还很大。
可是，又有一个疑问出来了，在黑田家的武士名单中，为什么会有新免伊贺守的名字呢？庆长五年（1600年），关原之战时，九州的大友义统想趁着关西大乱，夺回自己旧时的丰后封地。黑田如水当然不会那么轻易就让他夺回去，黑田如水召集了一万多名士兵，与大友义统展开了激战。所以说，武藏参加的并不是关原之战，而是大友和黑田之间的这场战争。据说，在黑田家还有武藏的相关记载。
如果以上属实的话，那各书中提到的武藏参加关原之战的说法就是错误的。近代兵学家楠正位先生生前对黑田家的档案进行了研究，并且还在杂志上发表了自己的研究成果。根据他的研究，《武藏传》中所言的武藏率先登上城墙并不是发生在关原之战时，而是发生在黑田与大友激战的时候。
总之，武藏年轻时具体参加了哪场战争，至今还不是很明确。在当时的历史记载中，除了关原之战和大阪之战这样的大战以外，一些小规模的冲突也都被冠以战争的名字。武藏参加的本是黑田和大友之间的激战，可是后人给传成了关原之战的可能性也不是没有。
不管怎么说，在关原之战后，新免家的武士流散到全国各地却是事实。据《新免家武士纪要》记载，关原之战后，新免家门下著名的六武士：内海孙兵卫、安积小四郎、香山半兵太、船曳杢右卫门、井户龟右卫门和木南加贺右卫门流落到小仓。他们租了一间很小的房子居住，靠给马编草鞋为生。据此也可以看出，战败武士的生活是多么凄惨了。上文已述，本位田教授认为像武藏和又八这样的无名小卒不可能被派上战场，我对此持有不同看法。在无二斋去世以后，武藏已不可能再从新免家领到俸禄，为了生存和实现自己的“野心”，他很有可能会主动要求前往战场。当时武藏怀有出人头地的“野心”，不管是沦落到务农，还是沦落到与商人为伍，只要一有机会，他肯定会拼命去争取，绝对不会像现代人这样，家庭沦落之后，依然会顾及自己的面子，踟蹰不前。
继续前面的话题，新免家的六武士靠给马编草鞋为生的故事传到细川忠兴的耳朵里后，忠兴就感叹道：“真是可怜啊！把他们招到细川门下吧！”
细川家给他们六个人一共一千石的待遇，觉得这么做已经是非常仁慈了。但是，六武士中领头的内海孙兵卫的老母亲却对六人说：“虽然我们现在破落了，但想用每个人不到两百石的俸禄就招抚我们，这简直就是羞辱，你们每个人就值那么点钱吗？”听老人家这么一说，六武士就果断拒绝了细川忠兴的招抚。
后来，细川家给六武士提高了待遇，尤其是对内海孙兵卫，格外给他很高的俸禄。六武士这才答应了忠兴的招抚。在六武士进城面见新主公之前，一名颇有阅历的老臣对忠兴说：“听说他们六人已经破落到不成样子了。在进城面见您之前，要不要给他们点钱，让他们置办身像样的衣服啊？”
忠兴笑着回答说：“你放心，他们不会衣衫不整地来见我的。不信，你就等着看吧！”
数日之后，六人一起来面见忠兴。果然如忠兴所料，六人衣衫整齐，颇有风采。最初向忠兴建议的那名老臣见此般情形，颇感惊讶。后来向忠兴道歉说：“我如此低估这六位武士，实在是惭愧啊！”
根据这个小故事可以看出，新免家应该有一批非常优秀的武士。在关原之战，新免家战败之后，一部分武士来到了黑田藩，还有一部分武士去了小笠原家、本多家和有马家等。这样一来，各藩都有了武藏的同乡，这无形中给武藏以后的武者修行提供了很多便利。
提出“关原参战否定说”的楠正位先生曾指出，现在武藏的相关史料大部分出自九州地区，而对武藏宠爱有加且有武藏的弟子存在的本多家却没有发现任何关于武藏的史料，这真是一件奇怪的事情。现在黑田家、小笠原家和有马家的书库还没有对外公开，希望将来的某一天能在这些大名家的书库中发现关于武藏的“沧海遗珠”。
武藏的一生基本是在漂泊中度过的，他的脚步遍布全国很多地方，别说关东地区了，就连出羽和奥羽这些偏远的地区他也都去过。但是遗憾的是，在京都以北的地方，还没有发现武藏的任何史料。只有传说，说他曾在行德地区的一个叫藤原的地方结过一个草庐，在那里住了一段时间，但没有涉及他在江户活动的任何内容。我曾经感叹武藏的真实史料仅仅有六七十行，说实话，这一点儿也没有夸张。要想再发现武藏的新史料，我们必须要比考古学家还要有耐心，除了踏访他曾经到过的地方，除了发掘那些大名家中还没有公开的档案，我们别无他法。