宝座后面靠左摆一座五彩斑斓的佛堂花，这是一种祭品，每年清明前一天由石门工部将佛堂花抬至隆恩殿内。祭祀时，皇帝、皇后、皇贵妃、皇太子供大佛堂花，贵妃、妃、嫔、贵人、常在、答应、福晋、格格等供小佛堂花。佛堂花的基本用料是彩纸金箔，帝后所供的大佛堂花形如花塔，高丈二，直径四尺，上面一簇簇牡丹、荷花，穿插着五色秋菊形可乱真。花塔顶端卧一条金龙，底座上分别画有鹿鹤同春、一猿复始、竹林七贤、五老观泉等图画，披挂五色纸钱。后妃所享用的佛堂花，顶端落着一只展翅欲翔的赤金凤凰，背如碧玉金翎细羽，红嘴白腿云冠昂首，凤凰口中衔牡丹花称荣华富贵。这些精巧瑰丽的佛堂花一直供奉到岁暮才焚化。来年清明时重新供奉新的佛堂花。
每当祭祀清晨，内务府员役在东配殿前搭凉棚打扫月台，再开隆恩殿门。专职的“香灯阿”将殿内的13盏“满堂红”悬灯点起，清扫殿内灰尘。内管领差役人员将饽饽桌及果品方架抬到月台下，交给骁骑校等官员再抬进大殿。内管带领差役将酒樽、爵、杯、奠池、节壶、马杓等抬进殿内，供奉在两边酒案之上。礼部官员带领神厨库中的屠户将牲匣抬入殿内，复将备制好的牲牛、牲羊抬入殿内供于牲匣之中。尚膳正在凉棚内将熟牛羊肉件摆在方盘里，会同八旗官员抬入大殿供案之上。八旗官员到膳房抬膳桌得由内务府官员引进大殿，经膳房人传递。尚膳正亲自供献，摆供完毕由八旗官员将膳桌抬出。礼部官员由东配殿请祝版祝帛供奉于供桌上。“香灯阿”从殿内走出将月台上的鼎式炉内点燃御香。礼部一员监理会同内务府官员一道进入大殿，拽黄丝绳拉开九龙朝天帐、九凤朝天帐，入暖阁一跪三叩礼毕，恭请神位。捧持神位安放在大殿正中的金龙宝座之上，宛如皇帝生前临朝一般。至此一切准备就绪方恭请圣驾，盛大的祭祀典礼才算开始。
每次祭陵结束时，内府奉祀官员又从宝座上请神牌当然免不了跪叩之礼，重新安放在暖阁内神龛供案之上。而后举行差役人等分享供品的项目，其名目曰：坐班饮福。内务府官员带领膳房人等执事坐班，散放克食祭品，茶房人执茶桶于丹墀下向上跪奉，按班各斟一碗茶差役人按班递送，坐班官员皆跪尝。祭祀完毕，大殿熄灯火，锁好殿门，祭祀时所用金银器皿，由内务府员役同领取人送还礼部库，礼部官员查收无误据实存库。在金银器皿箱子上，由内务府、礼部各封一道封条，直至下次祭祀时再启封。
国家有庆典时，皇帝谒陵行大飨礼。皇帝身着朝服进隆恩殿而不著素衣，陪祭的王公百官也穿礼服参加祭祀。
朔望小祭只启神龛幔帐，不请神位，供品也不如大祭时丰盛。由守陵王公大臣及内府官员祭礼。如遇隆恩殿进行维修时，其祭祀活动临时在东配殿举行，供品和仪程却不能因其临时而略有马虎，否则有问罪杀身之患。
进入隆恩门，笔直的神路直抵隆恩殿的丹陛，两厢称东西配殿，均为黄瓦红墙，五间殿堂建在砖石基座上的单檐歇山式并有前廊。
东配殿是储存祭祀前准备的祝版、祝帛的地方。祝版，是一尺多长的长方形木版，上面用汉满两种文字按每祭的时令书写祭奠死者的文字。祝帛是赤、青、白、黑、黄五色丝织品，上面织有满、汉文字，祝帛亦有白色无字的称作素帛。金银锞子是用金箔、银箔制成的一锭锭元宝。这些祭品先供奉在隆恩殿内，祭祀完毕再送到燎炉焚化。在东配殿前海墁砖地上嵌有一圈方形的白石墩，中间雕有通孔，是专门为祭祀时拴绳支棚用的坠风石。
西配殿是皇帝、皇后一年一度忌辰时喇嘛念经的地方。忌辰就是死者周年那一天，由皇家的喇嘛庙隆福寺，派来十三位喇嘛在西配殿里诵经，为死者超度亡灵。每次念经用红白檀香一两。大祭时在隆恩殿内献奶茶，祭祀完毕茶房人将茶桌撤放在西配殿房檐下的高桌上。西配殿这座临时经房，除了忌辰念经之外，常年不开。
在两座配殿南侧各有一座小巧玲珑的宫殿式的琉璃炉叫焚帛炉，也称为燎炉。建筑顶部呈单檐歇山式，其螭吻、垂兽、跑兽一应俱全，檐下的斗拱、平板枋、四角圆柱及马蹄磉墩以及仿木制的六角菱花窗格，还有底部的须弥座均为琉璃制作。炉门为嵌花壶门，门内的炉体用生铁铸成相连的三个灰槽，内为圆券顶，这是每次祭祀完毕焚化祝版、祝帛和彩纸金钱的地方。
每年岁暮大祭完毕，要为死去的皇帝、皇后神位各焚烧五色纸一万张，金银锞子一万锭。燎炉内焚化后的浓烟顺沿券顶，从南北两房山上部的出烟孔飞出；下部积存的纸灰可从南北房山的基座除灰口清除。
隆恩殿后面有三座琉璃花门是真正的陵寝门，两侧建有高高的红墙，地势略高。陵寝门外至隆恩门这一部分为前朝，是仿照帝王生前所居宫殿建造，陵寝门内作寝宫称后寝。进入陵寝门迎面为两根高耸的石柱，其间夹着一座琉璃瓦顶木制斗拱、额枋上做青绿旋子点金彩画的一间牌坊，名曰二柱门。两个冲天的石柱，前后由两个石鼓戗得很坚固，柱顶的方形须弥座上两个蹲兽对面相望。唯有皇帝陵独有二柱门设置。石柱两侧没有墙，是一座象征性的牌坊门而已。
二柱门北面神道正中，建有一座长方形的石雕祭台，台上陈列着巨大的石雕五供。五供的台座为须弥座，其圭角、面枋、上枭、下枭、束腰、各处都雕刻得十分精美。其装饰的绾花结带、暗八仙、八宝等吉祥纹饰，都韵律生动，布局得体，寓意吉祥。暗八仙是“八仙过海”，八位仙人各自协持的法器。葫芦为李铁拐所持宝物，葫芦中不只存五福还能炼丹药救众生。宝剑为吕洞宾所持宝物，剑现灵光魑魅惊，可镇邪驱魔，威镇群妖。扇子为钟离权所持宝物，小扇轻摇乐陶然能起死回生。笛为韩湘子所持宝物，紫箫吹度千波静能令万物生灵。玉板为曹国舅所持宝物，玉板和声万籁清，板鸣万籁无声。花篮为蓝采和所持宝物，花篮内蓄无凡品，篮内神果异花能广通神明。荷花为何仙姑所持宝物，手执荷花出污泥不染能修身善养性。渔鼓为张果老所持宝物，渔鼓频频有梵音能星相卦卜灵验生命。以上暗八仙均以祈求长寿、吉祥、安宁。
八宝藏文名为“八吉祥相”是佛前的供品，象征着吉祥如意。五供台上居中的为香炉，双耳三足鼎式，炉身做夔龙纹与万福流云。夔为古代传说中的异兽，似龙一足，商周时代的青铜器上，多铸夔龙纹装饰。炉下作掏象鼻腿，炉顶为紫石雕如意流云，前后雕正龙两侧雕行龙下面衬以江牙海水，三条炉腿由三个张开大口的兽头含着，兽头像狮子又像龙名字叫狻猊，是龙生九子之一，因为它喜欢烟火，所以把它装饰在香炉腿上。香炉两旁为烛台安有紫石雕制的蜡烛。最外侧为花瓶，瓶顶为紫石雕制的灵芝花。这一炉二烛二瓶既不能焚香也不能燃烛更不能插花，是一组象征性的石五供。
石五供是皇太后祭祖陵常到的地方，由守陵女官二人引导皇太后、皇后至宝城明楼前，在石五供北面进行祭祀。同行的贵妃、妃、嫔于祭台旁，公主等人只能在祭台南面行六肃三跪三拜礼。此时执事女官进奠几放在拜位之前正中，皇太后在几案前向北跪下，皇后、贵妃、妃嫔、公主等皆面西而跪。而后女官进爵，皇太后祭酒，每祭一次行一拜礼，起身时站在东旁面西举哀，皇后等人均随着行礼举哀。祭祀完毕由女官引导皇太后、皇后在前院降舆处乘舆还行宫。
石五供北面有条水沟，越水沟上平桥便是整个陵寝中地势最高的建筑明楼。明楼建在方城上，方城连着宝城，宝顶与地宫都建在宝城之内。方城南墙正中有个洞口称作古洞门，为登明楼、上宝顶的必经之处。古洞门内有个小院落，迎面一堵高高的砖墙挡住了去路叫做“哑巴院”，实际上应该称为月牙城，因为城内前半部呈现出月牙的弧形得名。古洞门迎面高墙的正中，从地面向上修砌了一座镶嵌琉璃的照壁，琉璃瓦顶、须弥座之间是红色的墙体，四角饰四季花卉，有牡丹、莲花、菊花、茶花。中心菱形边框内为牡丹花的花篮。整座屏风照壁镶嵌在迎面灰色砖墙上，五光十色的琉璃照壁不仅美观，还掩饰了地宫入口的发券处。
月牙城内，东西两侧都修建了转向的青砖蹬道，顺着蹬道可登上明楼和宝顶。明楼在方城中心，为九脊重檐歇山顶的方形碑亭，四面各开一个券门。正南的券洞上首两檐之间悬挂着额题，上嵌满汉“孝陵”字样。明楼内的地面以江苏特制的金砖墁地。明楼的天花板上绘有“三皇治世”的金莲水草图案。楼内正中竖立一统朱砂碑，石碑用朱砂涂面，碑首雕有盘龙，碑下的须弥座的纹饰涂着五颜六色的矿物色。碑身正面朝南，上面刻有三种文字，右边为“世祖章皇帝之陵”，中间是满文，左边为蒙古文，这些字上都贴着光辉耀眼的叶子金。
清东陵碑刻同样内容三种文字，一方面说明满族、蒙古族之间的血缘关系，顺治皇帝生母孝庄文皇后系蒙古科尔沁国之女。清朝不仅皇帝常娶蒙古女子为妃，而且皇家公主嫁给蒙古王爷为妻也是常事。
努尔哈赤因满族只有语言没有文字，谕曰：“以蒙古字合我国语音，联缀成句，即可因文见义。”至今从朱砂碑的满、蒙古文字上看，字形仍十分相似。
明楼周围有通道，外缘的方城与宝城相连均建有垛口。宝城内为马道，里边建有矮小的宇墙。宇墙内所环绕的一个大土堆就是帝、后的坟头，皇家称为“宝顶”。宝顶是用白灰、砂土、黄土掺和成三合土，一层一层夯实又使用糯米的米汤浇固，再加了铁钉十分坚固。宝顶下面就是拱券砌成的地宫。至此由陵区总门户大红门开始的五千五百米的神路才算到了尽头。
每年清明大祭，皇帝或王爷要到宝顶上举行敷土礼。在祭祀前二刻钟，由礼部太常寺堂官二，引导内大臣二人，扈从王公大臣二人随进，其中一人荷土走至明楼方城下，皇帝才接过亲自荷土。王公大臣二人前后翼卫，礼部太常寺官前导，由月牙城内东边蹬道转向方城，当行至东面石栏门前王公大臣止步，将两小竹篚土合为一篚，跪着呈递给皇帝，其余人皆退下。皇帝奉篚跪着将土送至坟顶，毕恭毕敬地添完土，再由礼部太常寺官恭导皇帝由原路出隆恩门。官员们则在隆恩殿内奉请神位，一切就绪后皇帝再入隆恩殿行大飨礼。
为了尊重死去的皇帝、皇后，每次清明敷土礼所用的土是石门工部专程预备的“客土”。这客土要精心选取没被牛羊踩过的净土，在举行敷土礼时，皇帝与随行官员们的脚上都得套上事先准备好的黄缎袜套。如果谁忘记穿好黄缎袜套就踏上宝顶，那就被视为大不孝敬会招来杀身之祸。
孝陵的排水、防水工程
孝陵是经过风水大师们精心选择策划才建成的。明十三陵的建造也是由著名的风水术士参与勘测的，风水也叫“堪舆”。根据住宅基地或坟地周围的风向水流的形势，能招致居住者或葬者一家的祸福，故风水也指相宅、相墓之法。“葬者乘生气也。”“气乘风则散，行之使有止，故谓之风水。”