其二：影响两岸和平发展的台湾政局变化存在不确定性。两岸关系和平发展的环境因素相当重要，环境既包括国际环境也包括台湾内部环境，美国、日本等乐见与支持两岸关系和平发展，因为，两岸关系的和平发展，使台湾因素在亚太地区国家与地区彼此关系中敏感性大大降低，但是，台湾内部的政治因素、台湾政局变动的因素事实上存在变数，尤其是四年一次的台湾地区领导人选举，使两岸关系和平发展所面临的台湾内部环境存在着相当程度的不确定性，不同的选举结果会使两岸关系和平发展出现不同的发展前景。
其三：台湾蓝绿两大阵营的严重对立性与彼此在两岸政策上存在着本质的差异性。台湾内部蓝绿两大阵营即蓝绿之间的矛盾，是制约与决定台湾政局发展的主要矛盾，一方面蓝绿阵营大体上势均力敌，另一方面蓝绿阵营的两岸政策明显不同，马英九团队承认“九二共识”，从而推动两岸关系和平发展；而蔡英文为代表的民进党，对“九二共识”采取了“三不政策”：不存在、不承认、不接受的立场，从而将破坏两岸关系和平发展的基础。特别是蔡英文个人的“理念台独”，将是两岸关系和平发展的重要障碍，因此，充分认清蔡英文的两岸政策主张对两岸关系和平发展的危险性与危害性十分必要。
（二）和平发展阶段的主要矛盾
两岸日益增长的和平发展态势与台湾民众中“台湾主体意识”的同步成长将是和平发展新阶段两岸关系中的主要矛盾。
1.两岸间和平发展态势与“台湾主体意识”的矛盾将贯穿和平发展阶段的始终。马英九执政后，两岸关系呈现和平发展的基本态势，这一态势在可预见的未来还将不断地增长，这是由两岸关系和平发展的基本格局、发展动因与时代潮流、国际环境所决定的。但同时也需要看到，由于李登辉12年当政所推动的“台湾国家化”运动与民进党执政8年所塑造的“台湾主体性”意识在台湾社会已经形成了一定的气候，马英九上台后以“中华民国”为主要符号的“台湾主体性”意识不仅持续存在，而且有可能继续发展，从而与和平发展发展态势构成两岸和平发展新阶段中的主要矛盾，并在相当长的时期内存在。美国学者叶望辉（StephenJ.Yates）认为：“尽管两岸在经济上的互动快速扩张，但台湾在政治上发生许多快速而重大的变化，导致两岸的分歧日益严重。”
2.和平发展态势与“台湾主体意识”间矛盾的近期表现的问题，则是日益增长的和平发展态势与这态势短期内难以满足台湾民众要求经济“马上好”间的矛盾。马英九上台后两岸之间的政治关系有较大改进，但由于国际经济危机的影响，台湾经济却无法随两岸政治关系的缓和同步好转。而台湾一般民众都是“功利主义者”，尤其是民进党的许多支持者是经济上的弱势者，对“三通”的效果宁愿相信绿营说法，也就是台湾经济会更衰败，失业会更严重，对“三通”自然产生强烈的危机感。因此，两岸和平发展的态势与台湾经济不能“马上好”间的落差须引起充分注意，并采取措施给予解决，要让台湾民众尽快享受到两岸间和平发展的“红利”。此外，台湾经济对大陆越依赖，台湾民众的忧虑可能越大，甚至包括蓝色的群众也是如此，这就是因为台湾主体意识在其中的作用。甚至出现两岸间的经济联系越紧密，两岸民众间的认同越疏远的现象，即经济与认同的分离化现象。
3.统“独”矛盾不再是两岸关系中主要矛盾的发展态势对两岸和平发展有利，但对两岸最终统一也有负面与不利影响。由于“台独”在台湾政治斗争中的“工具”性质下降，岛内与两岸间的统“独”矛盾已不再是主要矛盾。在两岸和平发展的局面下，统“独”矛盾的淡化虽有利于两岸和平发展框架的建立，但从长远看，却未必就有利于统一，因为统“独”矛盾的淡化也有利于台湾事实上“独立”地位意识的巩固与强化。值得关注的是，在两岸和平发展情况下，台湾社会中主张维持现状的人增加多了，主张“台湾独立”的人反而多了，主张统一的人反而少了。
4.台湾社会的两条路线争议将对两岸关系和平发展产生一定的影响。目前台湾社会中存在两条发展路线的争论，一是主张两岸和解的路线，以马英九团队为代表，主张以“中华民族整体的利益为依归，寻求与大陆和解，两岸共荣共存的‘民族路线’”，另一条是主张两岸对立的路线，基本上以民进党为代表，“继续冷战时期的旧思维，依附美、日与中国抗衡的‘买办路线’”，这是冷战的遗绪。但其影响不可小视。
四、和平发展阶段的目标、任务与动力
（一）和平发展阶段的目标
1.目标包括阶段性目标与最终目标及其关系问题，也就是“和平发展”与“和平统一”的关系问题，应该是一个辩证与促进的关系。
2.和平发展阶段的初级目标。即和平发展阶段的基本目标是把握和平发展方向，深化和平发展内容，巩固和平发展的成果，体现和平发展的效益。需要看到的是，自2008年以来两岸关系在4年多所取得的进展与各项成就，远远地超过了过去60年的总和，但也存在若干问题，包括“台湾民众对于两岸同属‘一个中国’的政治认同和国族认同并未提升，而所谓台湾主体意识却在政客和民粹主义的推动下不断膨胀”。
3.和平发展的终极目标。和平发展阶段的最终目标是要由和平发展过渡到和平统一，因此，检验和平发展方向是否正确，并不在于所采取的政策措施是否马上产生有利于和平统一的立竿见影的作用，而是是否与和平统一的大方向不相违背、不背道而驰。
（二）和平发展阶段的主要任务
维护、巩固与发展两岸和平发展新格局、构建两岸关系和平发展的框架应是当前与未来一段时期内两岸关系和平发展的主要任务，通过抓住机遇，推动两岸和平发展大格局的形成，使之成为不可逆转的趋势，因此，两岸关系和平发展的持久化、稳定化与两岸交流交往制度化、机制化，应该是努力的方向与目标。
1.巩固基础。一是巩固两岸双方均坚持的“九二共识”的政治基础，防止两岸和平发展局面的任何反复；二是反“台独”斗争仍然是一项必不可少的重要工作，要反对与遏制“台独”势力可能反扑；三是要巩固马英九政权，促使国民党执政地位巩固化与长期化。在面对金融海啸与经济危机中，马英九政权是否稳定将是两岸和平发展重要的决定因素，因为两岸和平发展框架建立的岛内基础是认同“九二共识”的国民党的执政，所以，马英九团队掌握台湾的政权也是两岸和平发展机遇期的重要组成部分。
2.搭建框架。搭建两岸和平发展的制度化的框架，使两岸和平发展机制化、制度化、规范化，既需要经济交流与合作的机制化，需要两岸文化与两岸人员往来的密切化，也需要军事安全互信机制化。