沈惠平《论两岸的政治互信——一种两岸关系复杂性的简化机制》，在论述两岸关系复杂性的基础上，探讨了政治互信与两岸关系的未来、两岸的互动之间的关系，认为两岸政治互信的建立不仅是官方之间或者政治领导人之间表面的政治宣示与口头承诺，而是必须与一系列实际的政治行为相联结。
王伟男《两岸政治互信的困境析论》，认为两岸政治互信问题极其复杂，利益认知上的差异与冲突是根本原因，建立互信的过程本质上就是追求利益重叠面、构建共同利益的过程，文章从利益认知与两岸互信的关系出发，讨论了“台独”势力、威慑战略、制度差异、台湾的“国际空间”、自信与互信的关系等重要因素与两岸互信之间的关系，最后探讨了破解这些困境、建立两岸互信的根本途径。
（七）关于两岸治理问题
张亚中的《全球化与两岸统合》，是运用“治理”理论分析两岸关系的代表人物，他提出“两岸治理”概念，希望借由该概念的提出，跨越两岸现有的“统治权”论述，在不需要“统一”或者“独立”的条件下，两岸公权力机关就可以开始共同的合作，经由共同的治理，为两岸人民创造最大的福祉，而两岸人民也可以经由共同参与治理，建构彼此的共同认同。
周叶中、祝捷的《两岸治理：一个形成中的结构》文章，尝试改变运用“实体”范畴分析两岸关系的方法论，转而用“结构”代替“实体”，将两岸关系描绘成一种形成中的“治理结构”。
刘国深《试论和平发展背景下的两岸共同治理》一文，在探讨两岸共同治理的知识基础、法理基础与游戏规则后，提出应区分政治与行政两个不同层面的事务，并借鉴西方的公共治理理念，双方公权力部门可主动地进行适度的战略收缩，让两岸民间社会的力量进一步释放出来，成为引导和推动两岸和平发展的新的力量，成为两岸公权力部门的合理有效的补充。
康仙鹏在《两岸治理——“两岸关系”思维的检视与突破》，认为两岸“三通”后政治议题协商的无法展开既是两岸实务困境所致，也与“两岸关系”思维方式有密切关系，由此提出“两岸治理”可以在契合两岸关系发展的现实前提下，在决策上实现两岸公共物品的最优供应，在学术研究中促进两岸学界话语规范的趋近，在现实方面可以在治理的知识供给、未来情境规范、战略博奕框架构建等方面寻求突破。
李秘《两岸治理：两岸和平发展的新动力机制》，在回归过去30年两岸关系发展的主要动力机制及其局限性的基础上，提出两岸和平发展需要增加新的动力机制，以增进两岸社会互信与化解政治因素对两岸关系的负面影响，提出两岸治理作为和平发展的新动力机制。
（八）关于两岸经济整合制度化问题
许多学者提出两岸经济整合从局部到整体的发展路径，即将两岸经济一体化与整个中国经济一体化相联系，由两岸经济一体化发展到包括大陆与台港澳在内的中国经济一体化（中华经济一体化）。部分台湾学者与福建涉台研究学者多倾向于从局部到整体的发展路径，如有提出由金厦经济特区、环海峡城市圈到两岸共同市场等。唐永红提出探索试验两岸自由贸易区、两岸关税同盟、两岸共同市场、两岸经济与货币联盟与完全的两岸经济一体化。盛九元的着作《两岸经济合作的路径选择与机制建构——基于一体化理论的研究视角》，是两岸经济整合方面的比较权威论着，作者从一体化理论的角度出发，对区域经济整合进程中的两岸一体化问题进行了理论探讨和实践分析，提出两岸经济关系是在一个中国原则下形成的特殊经贸关系，两岸经贸交往属于一个主权国家下两个关税区之间的经济关系，在性质上被视为“国内贸易”，但彼此之间的经济互动则必须遵循WTO的规范。论着重点探讨了两岸经济合作机制化建设深化的路径与组织模式，认为“以共同市场为目标的渐进发展模式”符合两岸关系的性质与两岸经济合作的现实。
刘舸、张三南《两岸经济合作机制的概念分析》文章，在简要回顾两岸经济合作机制概念术语背景的基础上，首先分析了“机制”概念的起源及其类型，然后明确界定了两岸经济合作机制的概念，认为两岸经济合作机制目前主要形成三个子系统：一是两岸高层党际及其制度性成果，二是两岸两会会谈机制及其制度性成果，三是具有政党交流背景的民间性“两岸经贸文化论坛”及其制度性成果。
王建民在《关于经济合作机制与经济整合概念的讨论——兼论海峡两岸经济合作机制问题》一文中，提出经济合作机制有广义与狭义之分，也有功能性经济合作机制与经济整合机制。两岸经济整合机制是两岸经济一体化的建构机制，是一个阶段性的发展过程，有低度经济整合机制、中度经济整合机制与高度经济整合机制，海峡两岸经济整合机制的建设目前尚处于起步阶段，ECFA属于优惠贸易区性质，未来需要建立高层次的两岸经济整合机制即两岸经济共同体。王建民与左功叶的《海峡两岸经济合作机制建构主要障碍问题的探讨》，则是探讨了两岸经济合作机制建构中的政治障碍、制度障碍、利益障碍及机制建构与参与国际经济组织的互动障碍。
张冠华在《关于新形势下建构两岸经济合作框架的探讨》论文中，提出两岸经济关系应通过制度性安排与创新，推动两岸经济关系的功能性升级，同时全方位推动两岸经贸合作的制度化安排，使之成为两岸关系和平发展的重要框架之一。张冠华在另一篇《两岸经济合作框架协议的成效及后续推动策略》论文中，探讨了ECFA签署对两岸经济整合的意义，其洽签过程与后续推动为两岸关系其他领域的交流与合作提供有益借鉴，但提出互信商谈面临的政治、利益分配等不确定因素值得注意，两岸应在共同维护和平发展环境前提下，先易后难、循序渐进地推动ECFA后续协商。
章念驰的《签署ECFA的深远意义》论文，认为ECFA是60年来两岸签署的一个最重要的协议，该协议将给台湾经济与两岸经济合作带来重大而深刻的影响，带来两岸产业整合共同走向世界，并让两岸从经济共同体走向政治共同体。
周敏凯在《后ECFA阶段两岸关系和平发展的机遇与挑战》中，认为ECFA签署后两岸经济合作面临新的机遇，两岸经济合作共同圈正在形成，经贸合作推动文化社会合作；同时两岸和平发展也面临新的挑战，包括马英九团队治理能力与多次地方选举失利、美国军售台湾与台美军事合作升级、两岸关系全面发展形成共识障碍等。
周忠菲《ECFA后续阶段两岸产业合作的机遇与挑战》论文，从EC-FA的大陆“对台让利”的特点分析着手，提出协议签署后的后续阶段应努力推进未来的制度化合作与产业合作的内容与路径，认为两岸的产业合作应以资源的优化配置为政策出发点，以行业与市场的结合为依托，而非单纯停留在片面与单向优惠政策的思维。
单玉丽《海峡两岸经济合作的模式演进、影响因素与推动策略》，从两岸合作的六种主要模式：贸易合作模式、产业合作模式、园区合作模式、地区性合作模式、服务平台合作模式及对口合作模式分析开始，论述了影响两岸合作模式演进的主要因素，包括政治及政策因素、两岸经贸交流不对称的影响、经济发展不平衡的影响及社会文化因素的影响，最后重点阐述了推动两岸经济合作模式的提升应该是从功能性向制度化方向发展，包括进一步加强两岸政治互信与经济互信、积极推动两岸经贸合作的机制化、强化两岸民间交流和人员往来。
台湾方面对两岸经济整合的研究论着不少，代表性的有萧万长提出的两岸共同市场及其发展路径，第一步是两岸贸易往来正常化，特别是三通；第二步是关税减让，第三步是签订类似的自由贸易协定。即两岸经济正常化-关税减让-自由贸易协定-两岸共同市场。
张亚中则是提出了“两岸经济共同体”的概念，认为“为了两岸更长远的利益，两岸应推动经济的整合，让两岸经贸在共同体的机制下运作才符合两岸的经济与政治利益”，“积极推动两岸经济合作的ECFA是必要的第一步，两岸共同创造一个具有共同体性质的两岸共同市场，才应该是两岸努力的目标”。
蔡宏明在研究中国大陆“十二五规划”中辟专章论述两岸未来五年经贸关系，认为“十二五”期间两岸经贸契机在：“建立健全两岸经济合作机制”、“全面深化两岸经济合作”，同时提出“由于货品贸易、服务贸易、投资保障等实质谈判，将涉及台湾农业、工业与服务业市场开放与两岸之利益交换，对两岸当局都是一大挑战”。
李应博《ECFA后两岸产业共同治理：结构、机制与政策含义》，在分析两岸产业发展的阶段特征、两岸产业合作的指标特征与制度化特征后，探讨了两岸产业共同治理的理论与实践，重点进行了两岸产业共同治理的机制，提出了产业共同治理原则：产业合作权的共享、产业利益索取权均沾、权利动态调整、产业资源配置共享机制、产业共同监督机制与政策协同机制，认为两岸产业共同治理应成为ECFA后两岸产业深度整合的重要方式，两岸产业共同治理既需要顶层设计，也需要公众参与，同时需要社会建构。
叶怡君《两岸经合会对未来两岸关系影响评析》，作者在探讨两岸经济合作委员会的由来与设置规范后，分析了经合会对两岸关系的影响，认为经合会是ECFA磋商、解释与监督机制，虽然不是常设机构，但却是ECFA的灵魂机构，虽然不是“发电机”，却是“牵引机”。
（九）关于两岸文化交流与认同问题
1.关于两岸文化交流。
余克礼在《对后ECFA时代深化两岸协商、谈判对话的几点看法》中，认为增进与扩大政治互信是拓展与深化两岸协商、谈判与对话的基础，两岸应本着积极与负责态度深化两岸协商谈判机制，签订两岸文化教育交流协议应摆上两会制度化协商谈判的议程。
俞新天的《两岸共同复兴中华文化的思考》，指出了当前世界文明的潮流是肯定文化多样性，要求各种文化对于人类的发展做出贡献，西方文化的垄断地位已经受到质疑，而中国的崛起带来了复兴中华文化的希望。两岸人民应该提高文化自觉性，消除“百年悲情”所造成的文化自卑与文化自大心理，共同承担复兴中华文化的使命，达成提炼中华优秀价值观、指引人民的思想与行为、在文化交流中进行世界性传播的目的。俞新天在另一篇《两岸关系中的文化认识问题》中，重点分析了两岸人民应如何看待两岸文化的异同、如何认识文化价值观的异同及文化认识问题对两岸关系产生的作用。认为两岸文化同中有异，应互相理解；两岸文化价值观异中有同，应摒弃曲解。
李鹏的《和平发展视角下两岸文化整合的功能与路径》，在分析两岸文化整合的意涵与性质后，提出两岸文化整合的功能定位在认同功能、保障功能与外溢功能，认为路径选择在互动交流、机制建构、精髓整理、差异磨合与融合创新。
杨立宪的《对新时期深化两岸文化交流的若干思考》论文，提出ECFA签署后两岸文化合作协议应提上日程，两岸文化交流合作协议可粗可细，可以是提纲挈领式，也可以是分门别类式的类似实施细则协议。
刘国奋在《扩大和深化两岸文化交流合作之初探》文章中，提出从扩大和深化两岸文化交流合作入手突破两岸关系瓶颈，而两岸关系和平发展局面的形成为扩大和深化两岸文化交流合作提供了较好的时机，认为两岸文化交流合作机制的内涵可从四个方面着手进行：一是强调官方主导两岸文化交流合作的重要性；二是设立专门的交流合作平台是扩大和深化两岸文化交流合作的重要路径；三是实现两岸民间组织机构和文化领域各行业对口交流合作的常态化是扩大和深化两岸文化交流合作的必要前提；四是时机成熟时商签两岸文化交流合作协议可使两岸文化交流合作迈入制度化和规范化阶段。同时建议要尊重台湾同胞的文化创新精神，重构两岸共同的文化记忆，以人文精神为基础推动两岸文化交流合作迈向新台阶。
李道湘的《两岸文化交流中的若干理论问题研究》，作者在概述“文化”与“中华文化”基础上，辨析了什么是中国传统文化、什么是中华文化以及两岸文化交流中的“两岸文化”，提出由于文化的广泛性，在两岸文化交流中需要把握重点，需要明确两岸文化交流的定位与定性，需要强化两岸核心价值观的认同。
严泉《两岸文化合作机制与文化共同体的构建》，认为两岸文化合作机制的基本框架应包括四方面内容：文化管理机构的对话机制、文化交流的可持续性机制、文化产业发展的政策机制与文化专业人才的培育机制，而文化合作机制建立的最终目标是推动两岸文化共同体的构建，体现在两岸文化合作的制度建设、两岸文化共同市场的构建与两岸社会文化的融合。
彭付芝《两岸文化交流中的认知偏差与进一步开创两岸关系和平发展新局》，认为两岸民众对两岸文化交流及结果的认知存在偏差，包括关于“国家认同”的认知偏差、对台湾文化和中华文化关系的认知偏差、民主等政治价值观念与祖国统一关系的认知偏差，提出要促进两岸文化交流向纵深发展，同时构建两岸共同的价值体系。