丘逢甲字仙根，原籍广东省镇平（今蕉岭），1864年生于台湾省苗栗县。从小由当塾师的父亲教读，十四岁应童子试，成绩为全台第一名。1884年，眼见法国侵略，慨然有维新之志，留意新学。1888年考中举人，次年考中进士，授职工部主事。但他无意当官，辞归台湾，先后掌教于台中衡文书院、台南罗山书院、嘉义崇文书院。
1894年中日甲午战争爆发，丘逢甲忧国忧民，主动向台湾巡抚唐景崧请缨，愿率士民共同守御。唐景崧令其招募义民。丘逢甲遂变卖家产，充作军饷，成为全台义军首领。1895年4月，李鸿章与日本签订《马关条约》，台湾割归日本。丘逢甲万分气愤，屡电清政府，要求拒约抗战。后见割台已成定局，遂倡台湾自主之说，成立台湾民主国，推唐景崧为总统，刘永福为大将军。他与士民合力抗击日军，经过二十多个昼夜的血战，终因弹尽粮绝而失败。后接受部将建议，举家回到镇平，在潮州、潮阳和澄海各书院讲学，在汕头和镇平创办学堂，大力推行新学，学风为之一新。后被两广总督岑春煊聘为广东省学务公所参议，遂到广州。学务公所裁撤后，历任广州府中学堂、商业学堂和两广方言学堂监督，并被推为广东教育会会长。
1909年咨议局成立，丘逢甲当选为副议长，当即延揽同盟会会员古应芬入局担任书记长，邹鲁担任书记。1910年广州新军起义失败，巡警道查出邹鲁和咨议局议员、同盟会会员陈炯明与起义有关，带人到局拿捕，经丘逢甲极力庇护，二人方得平安无事。1911年黄兴领导的黄花岗起义失败后，丘逢甲得知邹鲁、陈炯明参加起义的证据已为官方所获，又及时通知邹鲁逃离。
丘逢甲任咨议局副议长期间，与议员一起通过了一些有益于人民的议案，其中突出的一件是禁赌。1910年第二届咨议局开会时，他令人提出禁赌案，痛斥庇赌议员为赌商辩护，竟遭到庇赌议员的抵制，未获通过。他以未尽到责任，与议长和赞成禁赌的议员具呈辞职。不久，庇赌议员被宣布开除，禁赌问题始得解决。
1911年保路风潮兴起，许多立宪派人士转向革命阵营。丘逢甲闻之大喜，说：“是吾志也。吾欲行民主于台湾，不幸而不成；今倘能成于中国，余能及身见之，九死无所恨也。”“内渡十七年，无若今日快心者。”
辛亥革命爆发后，广东的革命党人力量微弱，与立宪派人士江孔殷商议由咨议局出面，召开各界大会，议决实行独立。此时正议长易学清托病不出，丘逢甲得知立即“赞成首肯”。广东独立后，丘逢甲出任广东军政府教育司长。
中华民国成立，丘逢甲被推为临时参议院议员，赴南京参加会议，筹组临时政府。旋病告假南归，1912年2月25日病逝于镇平。
丘逢甲是一位爱国诗人，作品多为怀念台湾和感愤时事之作，具有鲜明的时代内容，著有《岭云海日楼诗钞》等。